Ông đã đề xuất và được cử đi học chuyên ngành phẫu thuật thần kinh, đây là một chuyên ngành mới đối với Bệnh viện C vì lúc đó Bệnh viện thường mời các GS-BS của Bệnh viện Việt Đức lên trực tiếp phẫu thuật các bệnh cột sống, sọ não tại Bệnh viện để người bệnh không phải đi xa, khó khăn, tốn kém. Năm 2004, ông tốt nghiệp thạc sĩ về phẫu thuật thần kinh. Từ đó, ông đã triển khai các phẫu thuật về sọ não và cột sống, những ca nhẹ và trung bình ông là người mổ chính, những ca nặng vẫn có sự hỗ trợ của các GS-BS của các Bệnh viện Trung Ương như Bệnh viện Việt Đức, Bệnh viện 103… Năm 2006, khi bệnh viện thành lập Khoa Ngoại chấn thương chỉnh hình, ông được bổ nhiệm làm trưởng khoa, ông đã lãnh đạo và cùng các thầy thuốc của khoa đạt được nhiều thành tựu trong khám chữa bệnh. Năm 2007, ông đã thi đỗ nghiên cứu sinh tại Học viện Quân y; năm 2010 tốt nghiệp tiến sĩ y học về chuyên ngành phẫu thuật thần kinh sọ não. 

 

Năm 2012, bác sĩ Đặng Ngọc Huy được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc Bệnh viện C. Ở cương vị mới, ông đã tích cực tham mưu, đề xuất giúp việc cho giám đốc trong các mặt quản lý về chuyên môn kỹ thuật của Bệnh viện. Hàng năm được giám đốc và BCH Đảng Ủy bệnh viện đánh giá hoàn thành tốt các nhiệm vụ được phân công. Ngoài công tác quản lý, ông còn trực tiếp tham gia và là phẫu thuật viên chính những ca bệnh khó và phức tạp ở sọ não như: U não, lấy máu tụ nội sọ các loại, vá sọ bằng xương tự thân hoặc bằng lưới titan. Các bệnh ở cột sống như: Thoát vị đĩa đệm, chấn thương vỡ lún cột sống, gai đôi cột sống và các loại chấn thương khác như gãy cổ xương đùi, các chấn thương nặng... Ngoài ra, còn trực tiếp phẫu thuật nội soi một số bệnh về ngoại như cắt túi mật nội soi, cắt ruột thừa nội soi, mổ sỏi niệu quản nội soi, cắt đốt u xơ tuyến tiền liệt nội soi, mổ trĩ bằng phương pháp longo…

 

Trong công tác nghiên cứu khoa học, từ năm 2007 - 2011 tôi là thư ký 2 đề tài nghiên cứu khoa học cấp tỉnh là “ Ứng dụng khoa học công nghệ, nâng cao năng lực khám chữa bệnh tại Bệnh viện C Thái Nguyên” và đề tài “ Ứng dụng tiến bộ kỹ thuật dao gamma, xây dựng trung tâm trị liệu ung thư tại Bệnh viện C Thái Nguyên”.  Năm 2013, ông là chủ nhiệm đề tài nghiên cứu khoa học cấp tỉnh là “ Đánh giá kết quả điều trị vỡ lún đốt sống ngực - thắt lưng do chấn thương bằng phương pháp cố định cột sống qua cuống tại Bệnh viện C Thái Nguyên”. Năm  2014, ông tiếp tục làm chủ nhiệm đề tài nghiên cứu khoa học cấp tỉnh: “Ứng dụng kỹ thuật dao gamma quay vào điều trị u não tại Bệnh viện C Thái Nguyên”. Từ năm 2005 đến nay có hàng chục đề tài nghiên cứu khoa học cấp cơ sở. Các đề tài nghiên cứu khoa học trên đều được các Hội đồng nghiệm thu và đánh giá xếp loại tốt hoặc xuất sắc. Đồng thời được ứng dụng trong thực tiễn khám chữa bệnh của Bệnh viện C và ngành y tế Thái Nguyên, góp phần nâng cao chất lượng khám chữa bệnh.