Nghị định số 39/2012/NĐ-CP ra đời là sự bổ sung kịp thời và cần thiết do nhiều quy định chung về hồ sơ, thủ tục trình khen thưởng các danh hiệu thi đua và hình thức khen thưởng cấp nhà nước theo Nghị định số 42/2011/NĐ-CP ngày 15 tháng 4 năm 2010 của Chính phủ không phù hợp với thực tiễn công tác khen thưởng (sửa đổi, bổ sung từ Điều 53 đến Điều 65). Một số sửa đổi quan trọng như: quy định rõ số lượng hồ sơ đề nghị xét tặng các danh hiệu thi đua và hình thức khen thưởng cấp nhà nước; giảm bớt thời gian xử lý hồ sơ khen thưởng tại Ban Thi đua - Khen thưởng Trung ương và Văn phòng Chính phủ từ 15 ngày xuống còn 10 ngày (kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định);  quy định rõ thời gian thẩm định hồ sơ khen thưởng tại cấp xã, cấp huyện thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và tại cấp Bộ, ban, ngành, đoàn thể Trung ương, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương theo hướng rút ngắn thời gian xử lý; nâng cao trách nhiệm trong việc xét khen thưởng các đơn vị có nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước, theo đó, cấp Bộ, cấp tỉnh khi xét khen thưởng có trách nhiệm thẩm định mức độ hoàn thành nghĩa vụ nộp ngân sách nhà nước bằng việc lấy ý kiến của cơ quan quả lý thuế có thẩm quyền và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính trung thực đối với kết quả thẩm định.