Bộ tiêu chí quốc gia NTM gồm 19 tiêu chí, phân theo 7 vùng, được các địa phương triển khai thực hiện từ hơn hai năm qua, đã xuất hiện một số bất cập, khiến nhiều xã có nguy cơ không thể trở thành xã NTM và các tỉnh, thành sẽ không hoàn thành được mục tiêu đề ra. Điển hình nhất là hai tiêu chí thu nhập và cơ cấu lao động. Nhiều địa phương có xuất phát điểm thấp như ở miền núi phía bắc khó đạt chuẩn về thu nhập, đồng thời, ở những tỉnh có điều kiện phát triển kinh tế, cơ cấu thu nhập đồng đều lại khó có xã thu nhập vượt lên hẳn để đạt tiêu chí. Tiêu chí cơ cấu lao động như hiện nay phù hợp với cấp vùng nhưng không sát với tình hình ở những xã thuần nông… Trên cơ sở kiến nghị của các địa phương, Bộ NN-PTNT đã tổng hợp và đưa ra các phương án đề nghị sửa đổi 5 tiêu chí và bổ sung 5 tiêu chí.