Thực tế PTSC Shipyard đã nhận một dự án dở dang gồm một bãi đất mới san lấp, một số hạng mục đang thi công và một số cần trục hỏng không có khả năng làm việc, hệ thống đường nội bộ chưa được xây dựng, đường xá đi lại còn khó khăn, chưa có nước sinh hoạt, đời sống cán bộ công nhân viên không được đảm bảo, ký túc xá công ty xuống cấp nghiêm trọng, lao động thiếu và yếu tay nghề...Đứng trước vô vàn khó khăn và thử thách, nhưng được sự quan tâm chỉ đạo của các cổ đông sáng lập và sự hỗ trợ kịp thời của Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam, Ban Lãnh đạo Công ty đã nhanh chóng bắt tay vào việc xây dựng một kế hoạch vừa xây dựng nhà máy và vừa sản xuất kinh doanh mang lại doanh thu cho Công ty.

Đối với hoạt động dầu tư xây dựng nhà máy: Công ty đã hoàn thành thủ tục chuyển đổi báo cáo tác động môi trường từ dự án Đóng tàu đặc chủng Nhơn trạch về Công ty PTSC Shipyard, cải tạo Văn phòng làm việc, cải tạo khu Ký túc xá đảm bảo chổ ở cho toàn bộ cán bộ công nhân viên Công ty,  hoàn thành thi công nâng cấp đường nội bộ nhà máy, hoàn thành công tác thẩm định F/S và chuẩn bị triển khai thực hiện dự án, hoàn thành thẩm định dự án đầu tư hệ thống xử lý nước sinh hoạt và chuẩn bị triển khai mời thầu thi công dự án, hoàn thành lấy ý kiến về thiết kế cơ sở cho quy hoạch tổng thể nhà máy, đã thay đổi tên dự án, tên chủ đầu tư thành Nhà máy đóng mới và sửa chữa phương tiện nổi PTSC trong giấy chứng nhận đầu tư, hoàn thành xin giấy phép xây dựng nhà máy do BQL Các khu Công nghiệp Đồng Nai cấp. Trong năm 2012, Công ty sẽ tiến hành hoạt động xây dựng các dự án đã được phê duyệt và chuyển đổi. Dự kiến sau hai năm thi công, Dự án xây dựng nhà máy giai đoạn I sẽ hoàn thành.