Trong mối quan hệ "nông dân - nông thôn - nông nghiệp" thì nông dân ắt là chủ thể, vì xây dựng nông thôn và làm nông nghiệp là do nông dân. Trong mối quan hệ "bốn nhà", đương nhiên nhà nông đứng vị trí chủ thể, trong đó quan hệ liên kết giữa nhà nông và doanh nghiệp nếu có hiệu quả thì là mối quan hệ trực tiếp và thường xuyên. Nhà khoa học nghiên cứu và chuyển giao giống và kỹ thuật vào sản xuất tất nhiên phải qua nông dân. Nhà nước quản lý và hỗ trợ sản xuất nông nghiệp thì đối tượng chính vẫn là nông dân. Do đó, tái cơ cấu nền nông nghiệp bền vững cần lấy điểm xuất phát, thước đo là mức độ cải thiện đời sống kinh tế-xã hội của người nông dân.
Trong công cuộc tái cơ cấu nông nghiệp có nội dung trồng cây gì, nuôi con gì. Tuy nhiên, điều quan trọng hơn là làm thế nào để nuôi trồng có hiệu quả cao hướng về lợi ích của nông dân, phải có khởi điểm thích hợp và bước đi vững chắc. Muốn vậy thì phải bắt đầu từ cây lúa mà phần lớn người nông dân đã gắn bó từ đời này sang đời khác. Dùng giống và kỹ thuật như thế nào để vừa phải đầu tư ít, vừa dễ bán, thu lãi cao là mục đích sản xuất của nông dân. Ðiều này có thể lý giải vì sao nông dân đồng bằng sông Cửu Long (ÐBSCL) sử dụng 60%, 70% giống lúa OM và giống IR50404 tới hơn 21% diện tích. Tái cơ cấu nông nghiệp cần tính đến thu nhập thuần của nông hộ, trong đó có nông sản hàng hóa, như lúa gạo, trái cây, tôm cá. Nhiều chuyên gia thường tính ngược lại, tính từ nông sản xuất khẩu, ở vùng chuyên canh cây lúa lớn như ÐBSCL thì chỉ quan tâm nhiều đến sản xuất lúa gạo. Trong các vùng miệt vườn trái cây cũng vậy, người làm vườn đã thực hiện chiến lược vùng chuyên canh trái cây nào đó, như bưởi năm roi, sầu riêng hạt lép..., những vườn đa canh VAC. Vì diện tích sản xuất lúa của mỗi gia đình lại quá nhỏ lẻ, nên muốn có thu nhập cao phải luân canh tăng vụ lúa-ngô/cây đậu đỗ, lúa - tôm/ cá, đa canh, phát triển ngành nghề.
Tái cơ cấu nông nghiệp ở tầm vĩ mô cần xem xét ngành hàng sản xuất kinh doanh lúa, gạo; rau hoa quả... và vận hành thế nào để lợi ích hướng vào người sản xuất. Nhiều chuyên gia khuyên nông dân sản xuất theo nhu cầu của thị trường. Nông dân chỉ biết sản xuất ra để bán được cho thương lái, nghe và làm theo thương lái; nếu nghe từ các nguồn thông tin khác mà sản xuất thì không hoặc khó bán được sản phẩm với giá thỏa đáng. Nghiên cứu dự báo thị trường nếu giúp được doanh nghiệp thì cũng giúp nâng cao chuỗi giá trị ngành hàng. Nhiều ý kiến cũng đề nghị Nhà nước xem xét và đầu tư cho nông nghiệp thỏa đáng. Sản xuất nông nghiệp luôn đóng góp cho GDP gần 20%; cách đây hơn mười năm, Nhà nước đầu tư lại cho nông nghiệp khoảng 13, 14%; sau đó giảm dần nay còn khoảng hơn một nửa; trong khi đất nông nghiệp ngày càng bị thu hẹp.
Nhà nước và ngành nông nghiệp đã có nhiều chủ trương, như phải làm sao để bảo đảm nông dân trồng lúa thu lãi 30%; như phong trào thi đua sản xuất nông nghiệp có thu nhập 50 triệu đồng trên một ha, hay trên một hộ nông dân. Phong trào thi đua đạt những tiêu chí trên đã triển khai ở nhiều nơi và đạt được kết quả nhất định. Tuy nhiên, cũng có điểm chưa hợp lý, như thu nhập cao mà chi phí tăng làm cho lãi ròng không tăng, có khi còn giảm; như khi gặp khó khăn về tiêu thụ nông sản, người sản xuất lúa thu lãi 30% là khó. Những tổng kết thành tích về năng suất và tổng sản lượng, về lượng gạo xuất khẩu năm sau luôn cao hơn năm trước tuy cần thiết để chỉ đạo sản xuất, kinh doanh, nhưng người nông dân chỉ phấn khởi khi thu nhập thuần của gia đình mình tăng.
Nhà nước ta đã có nhiều chủ trương, chính sách hướng về lợi ích của nông dân, nhất là nông dân sản xuất lúa, nuôi thủy sản. Trong cuộc họp bàn giải pháp tháo gỡ khó khăn về sản xuất và tiêu thụ lúa gạo, thủy sản vùng ÐBSCL ngày 5-6-2013 vừa qua ở Cần Thơ, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh khẳng định: "Mục tiêu tương lai là tăng hiệu quả sản xuất, cải thiện hơn nữa đời sống của người dân". Bộ trưởng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Cao Ðức Phát cũng kỳ vọng: "Phải có những điều chỉnh căn cơ để nâng chất lượng nông sản, giảm giá thành, nhằm tăng thu nhập cho nông dân...". Trong cuộc tiếp xúc khác, Bộ trưởng còn nói cần chuyển giao đầy đủ giống và kỹ thuật cho nông dân. Nhưng khi nông dân đã làm, đã có kinh nghiệm rồi thì phải tôn trọng quyền lựa chọn của họ, như việc dùng giống nào, làm mấy vụ, cán bộ không được khuyến cáo mang tính mệnh lệnh. Ở ÐBSCL, vựa lúa lớn nhất cả nước, hiện còn có những ý kiến thuận chiều và trái chiều về lúa vụ ba và sử dụng giống lúa IR50404. Dù đồng thuận hay trái chiều đều xuất phát từ thiện chí với nông nghiệp, với nông dân.
Viện Lúa đồng bằng sông Cửu Long vừa phối hợp 13 Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn khảo sát và thống kê việc sử dụng giống lúa. Kết quả cho thấy, tỷ lệ diện tích dùng giống IR50404 ở tỉnh Ðồng Tháp là từ 41 đến 58%; tỉnh dùng ít nhất là Bạc Liêu, Cà Mau từ 6 đến 9%; bình quân toàn vùng hơn 21%. Còn lại là những giống tạo chọn trong nước, chủ yếu là những giống OM. Vấn đề là ở chỗ: vài chục năm gần đây, có khuyến cáo không trồng, hoặc trồng với khoảng 10% diện tích lúa. Khuyến cáo là do các doanh nghiệp cho rằng giống này cho chất lượng gạo xuất khẩu kém, nhất là ở vụ hè thu, giảm giá trị xuất khẩu. Bà con nông dân vẫn liên tục sử dụng vì vừa dễ làm và thu lãi hơn nhiều giống khác, vừa dễ bán cho thương lái thu gom cho doanh nghiệp xuất khẩu gạo. Vì vậy, cần có đề tài nghiên cứu thực trạng sản xuất, kinh doanh giống IR50404 trong cơ cấu giống lúa ở ÐBSCL và có ý kiến tham mưu với cơ quan chức năng.
Lúa vụ ba phần lớn là vụ thu đông, nhưng có khi là vụ hè thu ở nơi chỉ làm vụ đông xuân, xuân hè và hè thu; lại có nơi bà con nông dân trồng màu vụ đông xuân có lãi hơn làm lúa, sau đó mới làm vụ hè thu và thu đông. Cho nên diện tích vụ thu đông lớn hơn diện tích ba vụ lúa. Năm vừa qua, diện tích vụ thu đông là 685 nghìn ha, diện tích ba vụ lúa chưa đầy 500 nghìn ha trong tổng số 3,8 triệu ha gieo trồng. Một tổng kết 11 năm lúa vụ thu đông hay vụ ba ở tỉnh An Giang cho thấy, năm 2000 diện tích lúa vụ ba đạt 21 nghìn ha; năm 2011 là 133.723 ha; sản lượng tăng từ 96.526 ha lên 762.687 ha. So với vụ hè thu, chỉ có hai năm 2005, 2006 đạt năng suất lúa kém vụ hè thu, còn đều cao hơn. Ở địa phương khác cũng có nơi có khi năng suất vụ thu đông cao hơn, cũng có nơi thấp hơn. Cũng như việc sử dụng giống lúa IR50404, chúng ta cần tôn trọng sự lựa chọn của nông dân. Trong sản xuất, nếu bà con gặp khó khăn gì thì cán bộ liên quan cần giúp bà con tháo gỡ.
Nông dân ÐBSCL có tập quán sản xuất nông sản hàng hóa. Nếu bà con thấy, hoặc chỉ nghĩ rằng trồng cây này có lãi hơn cây kia, thì sẵn sàng chặt bỏ cây này trồng cây mới; tôn tạo ruộng lúa để làm vườn hay hạ thấp đất vườn gieo cấy lại lúa. Bà con nông dân đều biết rằng trồng lúa với diện tích nhỏ lẻ manh mún, không thể làm giàu được, trừ số ít trang trại tích tụ được ruộng đất. Trồng rau màu, như ngô (bắp), đậu đỗ... vừa khó bán, vừa khó vận chuyển và bảo quản. Chỉ khi có doanh nghiệp bao tiêu sản phẩm, chế biến hoặc xuất tươi, thì những ý kiến thiện chí giảm vài triệu ha lúa chuyển sang trồng màu, hay nuôi tôm, cá mới có thể thành hiện thực.
Nói chung, nông dân thụ hưởng ưu đãi từ những chính sách, những sự chỉ đạo sản xuất chưa được là bao, chưa tương xứng, mà thường "đọng" lại ở doanh nghiệp, ở thương lái. Mặt khác, cũng cần thông cảm với doanh nghiệp phải hoạt động kinh doanh, phải thu hồi vốn. Tuy nhiên, có tình trạng không công bằng như doanh nhân tham gia kinh doanh xuất khẩu gạo thu nhập cao "ngất ngưởng", mà nông dân thì nghèo xơ, nghèo xác như nhiều nơi hiện nay.
Nhiều chuyên gia cho rằng, hằng năm Nhà nước phải bỏ ra hàng trăm tỷ đồng để hỗ trợ lãi suất cho doanh nghiệp tạm trữ lúa gạo cho nông dân. Doanh nghiệp được vay vốn không phải trả lãi để mua lúa lúc giá rẻ và chờ đến khi giá cao thì bán, như vậy là doanh nghiệp được hưởng lợi "kép". Nhà nước trợ giá các đầu vào cơ bản cho sản xuất phân bón như điện, than, khí đồng hành nhưng khi sản xuất còn chưa đủ đáp ứng nhu cầu thì doanh nghiệp lấy lý do phân bón có thể bị buôn lậu để nâng giá bán ngang bằng.