Nguồn vốn đầu tư hạn hẹp chính là yếu tố tiên quyết khiến tiêu chí phát triển giao thông nông thôn đạt thấp. Mặc dù đã có cơ chế chính sách huy động nguồn vốn nhà nước và nhân dân cùng làm đối với chương trình xây dựng nông thôn mới. Tuy nhiên khi được triển khai tại các xã trên địa bàn lại gặp nhiều khó khăn. Nguyên nhân do đặc thù là tỉnh miền núi nghèo, dân cư sống rải rác thưa thớt, thậm chí có những vùng hưởng lợi mật độ chỉ khoảng 10 hộ/1 km. Thu nhập của người dân còn thấp nên cơ chế hỗ trợ kêu gọi nguồn lực, vốn vận động trong dân (vốn đối ứng) không đáng là bao so với khối lượng cần thực hiện. Trong khi nguồn kinh phí dành cho xây dựng giao thông nông thôn lại rất lớn.