Ngày 8/9/1964, Thủ tướng Phạm Văn Đồng thay mặt Hội đồng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 138/CP thành lập Ban Thanh tra thuộc Bộ Y tế để giúp Bộ trưởng Bộ Y tế làm công tác thanh tra trong các đơn vị trực thuộc Bộ, các cơ quan y tế địa phương về các nội dung thuộc phạm vi quản lý của Bộ Y tế.
Năm 1991, sau khi có Luật Bảo vệ sức khỏe nhân dân, Pháp lệnh Thanh tra và các văn bản hướng dẫn thi hành, ngày 5/12/1991, Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành Quyết định số 1087/BYT-QĐ thành lập tổ chức Thanh tra Nhà nước về y tế cấp trung ương gọi tắt là Thanh tra Bộ Y tế. Tại các địa phương, UBND các tỉnh, thành phố cũng lập tổ chức Thanh tra Nhà nước về y tế, gọi tắt là Thanh tra Sở Y tế. Từ đó, hệ thống thanh tra y tế được hình thành trong cả nước với tên gọi “Thanh tra Nhà nước về y tế”, gọi tắt là Thanh tra Y tế.
 
Ủy viên Trung ương Đảng, Phó Chủ tịch nước Đặng Thị Ngọc Thịnh trao Huân chương Lao động hạng Nhất cho tập thể Thanh tra Bộ Y tế.
Với sự quan tâm chỉ đạo sát sao của Ban Cán sự Đảng, lãnh đạo Bộ Y tế, lãnh đạo Sở Y tế, sự chỉ đạo sát sao về công tác tổ chức, nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ, hệ thống thanh tra y tế không ngừng được tăng cường. Đặc biệt, năm 2010, sau khi Quốc hội thông qua Luật Thanh tra sửa đổi, chức năng thanh tra được giao thêm cho các cục, tổng cục thuộc Bộ và một số chi cục thuộc Sở.
Thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao, hàng năm, Thanh tra Y tế cả nước đã tổ chức các đợt thanh tra theo kế hoạch và thanh tra đột xuất với việc thực hiện các quy định của pháp luật về y tế, gồm: Y tế dự phòng, an toàn thực phẩm, khám, chữa bệnh, dược công lập, hành nghề y ngoài công lập với phương châm dự phòng là chính kết hợp với thanh tra đột xuất khi có dấu hiệu vi phạm, nhằm ngăn chặn, xử lý kịp thời các vi phạm, từng bước đưa các hoạt động trong lĩnh vực y tế thực hiện theo đúng quy định của pháp luật.
Đối với công tác tiếp công dân, giải quyết đơn thư khiếu nại, tố cáo, từ năm 1991 đến năm 2019, ngành y tế cả nước đã tiếp nhận và giải quyết hàng chục nghìn lượt đơn thư khiếu nại, tố cáo, phản ánh, kiến nghị. Các đơn thuộc thẩm quyền đều được giải quyết kịp thời, đúng pháp luật, mang lại lòng tin cho nhân dân. Đồng thời, hàng năm, Thanh tra Y tế cả nước đã tiếp và tham mưu cho lãnh đạo ngành y tế tiếp hàng nghìn lượt công dân đến khiếu nại, tố cáo, phản ánh, kiến nghị các vấn đề liên quan đến công tác quản lý của ngành.
Bên cạnh đó, những năm qua, Thanh tra Bộ Y tế tham mưu cho lãnh đạo Bộ xây dựng kế hoạch hành động hàng năm về phòng, chống tham nhũng và tổ chức triển khai thực hiện có hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra liên quan đến công tác phòng, chống tham nhũng theo Quyết định của Bộ trưởng Bộ Y tế. Qua đó, góp phần hạn chế và kịp thời phát hiện, xử lý các vụ việc tham nhũng có hiệu quả.
Theo đánh giá của lãnh đạo Bộ Y tế, hơn 55 xây dựng và phát triển, với sự nỗ lực, cố gắng của toàn thể lãnh đạo, công thức Thanh tra Y tế trong toàn ngành y tế nói chung, Thanh tra Bộ Y tế nói riêng đã đạt được nhiều thành tích, luôn hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ được giao, được các cấp lãnh đạo ghi nhận, khen thưởng. Thanh tra Bộ Y tế cũng như hệ thống thanh tra y tế cả nước đóng vai trò như những người gác cổng trung thành, nghiêm khắc, công minh nhất cho hệ thống y tế Việt Nam ngày càng phát triển để chăm sóc sức khỏe của nhân dân ngày càng tốt hơn. 
Huân chương Lao động hạng Nhất là phần thưởng xứng đáng, ghi nhận những nỗ lực của tập thể Thanh tra Bộ Y tế. Đây là động lực, đồng thời là trách nhiệm để tập thể Thanh tra ngành Y tiếp tục phấn đấu xây dựng hệ thống thanh tra y tế ngày càng vững mạnh, chính quy, tinh nhuệ, từng bước hiện đại, phấn đấu hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, thực hiện tốt theo lời  Chủ tịch Hồ Chí Minh: “Thanh tra là tai mắt của trên, là bạn của dưới, tai mắt có sáng suốt thì mới tinh tường”, góp phần vào sự nghiệp xây dựng ngành y tế vững mạnh toàn diện, giúp làm tốt công tác chăm sóc, bảo vệ sức khỏe nhân dân”.
                                                                                                                                                                                                 Ngọc Anh